Высшим органом EPIKoda является общее собрание объединения.
В период между собраниями повседневной деятельностью палаты руководит правление, состоящее из 9 человек. Члены правления назначаются общим собранием на 4 года. Повседневную работу осуществляет исполнительный комитет, состоящий из 5 человек.

В компетенции правления:

• Управление деятельностью EPIKoda в период между заседаниями и претворение в жизнь решений общего собрания.
• Утверждение бюджета, контроль за его исполнением.
• Принятие решения о приеме, выходе и исключении членов.
• Утверждение на заседании отчета о деятельности.
• Утверждение времени, места и повестки дня заседаний и при необходимости решение о квоте представительства.
• Назначение исполнительного директора и утверждение исполнительного органа по его предложению.
• Представительство EPIKoda.
• Решение о предоставлении полномочий.
• Прочие вытекающие из закона действия.

Руководит деятельностью правления его председатель, который избирается на заседании общего собрания на 4 года.

В компетенции председателя правления:

• Организация деятельности правления.
• Действия и представительство от имени EPIKoda как в Эстонии, так и за рубежом без отдельной доверенности.
• Общение с государственными и правительственными учреждениями.
• Выдача доверенностей на основании решения правления.
• Право подписи от имени EPIKoda.
• Заключение договоров от имени EPIKoda.

Заседания правления проводятся не реже 6 раз в год и созывается по письменному требованию председателя правления, исполнительного директора или 3 членов правления. Правление имеет кворум, если на его заседании присутствует более половины членов. Решения принимаются простым большинством голосов.