EPIKoja kõrgeimaks organiks on ühingu üldkoosolek.
Üldkoosolekute vahelisel ajal juhib EPIKoja igapäevast tegevust juhatus.
Juhatuse liikmed määrab üldkoosolek ametisse neljaks aastaks.
Igapäevast tööd teeb 7-liikmeline tegevmeeskond.

Juhatuse pädevuses on:

• EPIKoja tegevuse juhtimine istungite vahelisel ajal ja üldkogu istungite otsuste elluviimine.
• Eelarve kinnitamine, selle täitmise jälgimine.
• Liikmete vastuvõtmise, väljaastumise ja väljaarvamise otsustamine.
• Tegevuse aruande kinnitamine istungil.
• Istungite toimumise aja, koha ja päevakorra kinnitamine, vajadusel esindatuse kvoodi otsustamine.
• Tegevjuhi ametisse nimetamine ning tegevjuhi ettepanekul tegevaparaadi kinnitamine.
• EPIKoja esindamine.
• Otsused volituste andmise kohta.
• Muud seadustest tulenevad toimingud.

Juhatuse tegevust korraldab juhatuse esimees, kes valitakse üldkogu istungil 4 aastaks.

Juhatuse esimehe pädevuses on:

• Juhatuse tegevuse korraldamine.
• EPIKoja nimel tegutsemine ja esindamine ilma volituseta nii kodu- kui välismaal.
• Suhtlemine riigi ja valitsusasutustega.
• Volikirjade andmine juhatuse otsuste alusel.
• Allkirjaõiguse omamine EPIKoja nimel.
• Lepingute sõlmimine EPIKoja nimel.

Juhatuse koosolekud toimuvad mitte harvem kui 6 korda aastas ning kutsutakse kokku juhatuse esimehe, tegevjuhi või 3 juhatuse liikme kirjaliku taotluse alusel. Juhatus on otsustusvõimeline, kui selle koosolekul osaleb üle poolte liikmetest. Otsused võetakse vastu lihthäälteenamusega.